虽然在五大淡水湖中面积最小，但因蓝藻问题，近年来巢湖的“知名度”骤然上升。
　　“这几年治理力度明显加大了，前几天蓝藻爆发的时候，政府组织我们到湖里捞藻，现在每天都有专人到岸边取水观测。”在巢湖西岸万年埠附近的一家杂货店，老板张大民告诉记者。
今年蓝藻爆发期间，他将小店关门到亲戚家暂住了几日，“西岸处于下风口，一刮风，臭气熏人，附近的居民能走的都走了，小店自然也就没了生意。”
　　与其他大湖一样，由于污染，长期以来，巢湖沿湖城市一直各自为政，争吵大于合作。
　　合六巢开启安徽环湖时代
　　巢湖东西长５４．５公里，南北宽２１公里，由于个体较小，其周边主要城市只有两座，西半湖的合肥市与东半湖的巢湖市，此外，还有少部分在六安市。
　　在安徽省发改委牵头编制的《安徽省会经济圈发展规划纲要?２００７－２０１５年?》中，记者看到，为实现合肥、六安、巢湖三市互动，实施省会经济圈战略，合肥、六安、巢湖三市市民将享受“同城”待遇。
　　据安徽省统计局数据显示，２００７年底，合肥在省内经济首位度已经超过２０％，而合肥、六安、巢湖三市的国土面积、总人口分别占全省的２４．５６％、２４％。据初步测算，六安、巢湖两市融入合肥之后，三市经济总量将仅次于武汉城市圈，居中部第二。目前，该规划已经付诸实施，合六巢三市正处于“合作蜜月期”。
　　５００亿元治污规划实施
　　在巢湖环湖经济圈，污染防治是最大的难题。
　　“在治污问题上，我们参照了太湖的协调做法，在合肥市和巢湖市之间，以及省直相关部门之间，明确了各自承担的责任以及协调的机制，消除了扯皮推诿因素。”在安徽省发改委，工作人员告诉记者，由安徽省发改委、环保局、水利厅、农委等部门联合编制的《巢湖流域水环境综合治理总体方案》?下称《方案》?已经由安徽省政府批准实施，巢湖流域水环境综合治理被纳入省政府直接调度的２０项“８６１”重大项目之列。治理工程将由合肥、巢湖两市政府负责实施，总投资逾５００亿元，具体的治污项目自２００８年开始将陆续展开。
　　记者从该方案中看到，规划分近期和远期两个目标，近期目标是力争用５年的时间?到２０１２年?，使湖体富营养化加重趋势得到遏制，环湖支流水质有所改善。城镇生活污水处理率达到８０％，农村达到２０％，畜禽粪便无害化处理率达到５０％，恢复沿湖湿地１５平方公里，水土流失面积减少４０％以上。确定巢湖水环境综合治理的主要任务是加快推进以“治污减排、生态修复、结构调整、科技攻关、引江济巢、加强管理”为重点的巢湖污染综合治理工作。
　　与此前的相互指责推诿相反，现在污染问题明确，为三市合作消除了“不和谐因素”。